Również język harmoniczny Andrzeja Panufnika podlegał ścisłej dyscyplinie. Rodzaje używanych współbrzmień najczęściej wynikały z możliwości związanych z przetwarzaniem leżącej u podstaw dzieła komórki interwałowej. Kompozytor świadomie ograniczał swój język harmoniczny, unikając gęstych, skomplikowanych brzmień. Harmonika Panufnika nie jest ani tonalna (mimo pewnych nawiązań do systemu dur-moll – poprzez stosowanie brzmieniowych centrów tonalnych, zwłaszcza we wczesnej twórczości; czy akordyki o podwójnym, durowo-molowych obliczu, z tercją wielką i małą równocześnie), ani też awangardowa. Kompozytor daleki był od stosowania serializmu (choć niektóre elementy stosowanej przez niego metody twórczej przypominają techniki stosowane w dodekafonii), nie przeładowywał też swych kompozycji przesadną dysonansowością – próżno byłoby szukać w jego partyturach klasterów dźwiękowych, również ćwierćtony należą do rzadkości. Język harmoniczny wypracowany przez Panufnika, w którym również niebagatelną rolę odgrywa symetria, cechuje się oryginalnością i, współdziałając z innymi elementami dzieła muzycznego, zapewnia jego muzyce specyficzny klimat i charakter.