Tuż po wojnie stosunkowo najszybciej – ze względu na kompletnie zrujnowaną stolicę – życie kulturalne zaczęło odradzać się w Krakowie. Tutaj skierował swe kroki także Andrzej Panufnik. Początkowo przyjął ofertę pracy dla Wytwórni Filmowej Wojska Polskiego, ale niebawem otrzymał propozycję objęcia posady dyrygenta w Filharmonii Krakowskiej i, mimo pewnych wątpliwości, postanowił ją przyjąć. Pod koniec maja 1945 roku sprowadził z Zakopanego rodziców i osieroconą bratanicę. Stan zdrowia matki kompozytora stale się pogarszał, a po otrzymaniu wiadomości o śmierci starszego syna w Powstaniu, zupełnie się załamała i wkrótce zmarła.

Przybity odejściem matki kompozytor szukał ukojenia w pracy. Mimo zajęć w Wytwórni Filmowej i przygotowań do sezonu w Filharmonii, zapragnął wrócić do komponowania. W pierwszej kolejności postanowił zrekonstruować kilka utworów:

Chciałem zapomnieć o wszystkich utraconych partyturach i stworzyć sobie tekę kompozytorską zupełnie od nowa, nie oglądając się za siebie, lecz okazało się, że Uwertura tragiczna nieustannie powraca do mnie w myślach, nie mogłem zapomnieć entuzjazmu Mirka, kiedy o niej mówił, ani tego, jak żałowałem, że nie znalazłem czasu, by się z nim napić po koncercie, gdy po raz ostatni widziałem go żywego. Postanowiłem odtworzyć Uwerturę i zadedykować ją Mirkowi, żeby upamiętnić jego wielką odwagę i poświęcenie. Zrekonstruowanie Uwertury okazało się łatwiejsze, niż przypuszczałem; czterodźwiękowy motyw lęku i precyzyjnie ukształtowana konstrukcja utworu dobrze utrwaliły mi się w pamięci. Zachęcony tym, wykorzystywałem każdą wolną chwilę – zwykle w nocy – by wskrzesić jeszcze dwa krótkie utwory: Pięć polskich pieśni wiejskich i Trio fortepianowe, co mi się znów udało bez większych trudności.

Wkrótce nadarzyła się okazja do zaprezentowania jednego ze tych zrekonstruowanych utworów. Na przełomie sierpnia i września 1945 roku odbył się w Krakowie pierwszy po wojnie Ogólnopolski Zjazd Kompozytorów, a na jego zakończenie – Festiwal Polskiej Muzyki Współczesnej, na którym wykonano szereg dzieł powstałych podczas wojny. Swoją premierę miały wówczas Pieśni wiejskie Panufnika, które spotkały się z dużym uznaniem zgromadzonego w Krakowie środowiska kompozytorskiego. Sukces Pięciu polskich pieśni wiejskich, jak również udana rekonstrukcja Uwertury tragicznej i Tria fortepianowego sprawiły, że Panufnik postanowił odtworzyć z pamięci także swoją I Symfonię. Premiera zrekonstruowanego dzieła miała miejsce 30 listopada 1945 roku, grała orkiestra Filharmonii Krakowskiej pod batutą kompozytora. Był to jednocześnie pierwszy występ Panufnika w charakterze stałego dyrygenta orkiestry Filharmonii Krakowskiej. Symfonia spotkała się z ciepłym przyjęciem krytyki, jednak kompozytor uznał, że przy rekonstruowaniu utraconej partytury pamięć tym razem go zawiodła. Postanowił więc zniszczyć rękopis dopiero co wykonanej symfonii i nie podejmować więcej prób odtworzenia straconych w czasie wojny dzieł.

W sezonie koncertowym 1945/46 Panufnik zyskał jako dyrygent wysoką ocenę opinii publicznej. Krakowskim melomanom przedstawiał w programach swych koncertów muzykę klasyków wiedeńskich – głównie uwielbianego przez siebie Mozarta, romantyków – Brahmsa, Schuberta i Czajkowskiego, jak i muzykę dwudziestowieczną – m.in. Szostakowicza oraz kompozycje polskie: poza własną symfonią i Uwerturą tragiczną, także utwory Karłowicza, Maklakiewicza, Ekiera i innych. Z pewnością pochlebne opinie krytyków, jak i przychylne reakcje publiczności przyczyniły się do decyzji o obsadzeniu młodego, ale już wybijającego się dyrygenta i kompozytora na stanowisku szefa orkiestry Filharmonii Warszawskiej – którą to propozycję Panufnik otrzymał wiosną 1946 roku. Stanowisko to było dużą nobilitacją dla młodego artysty i wiązało się z ogromną odpowiedzialnością za odbudowę najlepszej orkiestry w kraju. Panufnik podszedł do tego zadania z dużym entuzjazmem. Niestety, już na początku pojawiły się problemy, głównie związane z trudnymi warunkami lokalowymi w zrujnowanej stolicy. Gmach Filharmonii spłonął jeszcze we wrześniu 1939 roku, tuż po wojnie zaczęto organizować koncerty symfoniczne w ocalałej sali Operetki Warszawskiej przy ul. Nowogrodzkiej, Panufnikowi zależało jednak na znalezieniu lepszej sali. Jednocześnie czynił też starania, aby móc wyjechać na kilka miesięcy do Francji, gdzie chciał zakupić materiały nutowe dla orkiestry. Udało mu się uzyskać zgodę odpowiednich władz i pod koniec maja 1946 roku rozpoczął swą pierwszą powojenną podróż zagraniczną.

Podczas tego wyjazdu na Zachód Panufnik nie tylko kupił niedostępne w Polsce materiały nutowe dla orkiestry, ale także nawiązał szereg znaczących kontaktów. Wystąpił jako dyrygent w Londynie – na festiwalu Międzynarodowego Towarzystwa Muzyki Współczesnej, oraz w Paryżu. Obydwa koncerty spotkały się ze znakomitym przyjęciem krytyków, chwalących go zarówno jako dyrygenta, jak i kompozytora. Były to pierwsze sukcesy Panufnika na arenie międzynarodowej.

Do Polski powrócił na początku listopada 1946 roku. Zorientował się od razu, że sytuacja w Warszawie nie wygląda dobrze. Nie udało się zapewnić nowej sali dla orkiestry, władze miasta nie dotrzymały też swych obietnic dotyczących zagwarantowania muzykom mieszkań. W tej sytuacji Panufnik podał się do dymisji i jeszcze w grudniu 1946 roku wyruszył w kolejną podróż artystyczną po Europie. Tym razem odwiedził Szwajcarię, a także po raz kolejny Paryż i Londyn, gdzie w połowie marca poprowadził London Philharmonic Orchestra. W swych koncertach, obok repertuaru klasycznego, prezentował też najnowsze utwory polskie. Jego koncerty spotykały się z pochlebnymi opiniami krytyków różnych krajów, a echa tych występów docierały też do Polski, ugruntowując wysoką pozycję Panufnika jako kompozytora i dyrygenta.

Jednocześnie postanowił powrócić do komponowania. Poszukiwania nowych pomysłów rozpoczął od fortepianu i w ten sposób powstał cykl dwunastu etiud fortepianowych zatytułowanych Krąg kwintowy, a zaraz potem dwa dzieła symfoniczne: Nokturn i Kołysanka. Opracował również Divertimenta Feliksa Janiewicza na orkiestrę smyczkową, tworząc jeden z pierwszych w muzyce polskiej utworów, będących aranżacją muzyki staropolskiej.

Partyturę Nokturnu Panufnik wysłał na Konkurs im. Karola Szymanowskiego, na którym przyznano mu pierwszą nagrodę a prawykonanie kompozycji w Paryżu w kwietniu 1948 roku spotkało się z bardzo przychylną reakcją krytyki. Również Kołysanka odniosła sukces na estradach międzynarodowych, znalazła się m.in. w programie kolejnej edycji festiwalu Międzynarodowego Towarzystwa Muzyki Współczesnej w Amsterdamie, w czerwcu 1948. Ponadto w styczniu 1949 roku uhonorowano Panufnika krakowską nagrodą wojewódzką za ten właśnie utwór. Kompozytor wciąż bowiem mieszkał w Krakowie, starając się jednocześnie o mieszkanie w Warszawie, do której obaj z ojcem ogromnie tęsknili.

Sukces Kołysanki i Nokturnu ugruntował pozycję Andrzeja Panufnika jako jednego z najwybitniejszych polskich kompozytorów. W listopadzie 1948 roku został przez kolegów wybrany wiceprezesem Zarządu Związku Kompozytorów Polskich. Niestety, wysoka pozycja Panufnika w polskim życiu muzycznym miała też zasadniczy wpływ na wzrost zainteresowania jego osobą ze strony komunistycznych władz PRL-u, co wkrótce miało dać o sobie znać. Kończyła się bowiem era względnej wolności twórczej i nad polską sztukę nadciągało widmo socrealizmu.